У меня в Xfce 4.6 наоборот: для GTK иконки в меню отключены, но в Qt всё равно отображаются (в GNOME всё было нормально). Переменная $GTK2_RC_FILES определена, отсутствие значков прописано в ~/.gtkrc-2.0 и gtkrc самой темы. Так что, в некотором роде, присоединяюсь к вопросу.