Это я так понял, связано с gdm.conf, SessionDir поставлен правильно, в каталоге скрипты есть. Что не так ? Вывалить gdm.conf сюда ?
gdm-2.6.0.2
Gnome2.6-failsafe
при логине выскакивает такое окошко : "не удаётся найти или выполнить базовый скрипт сеанса, попытка запуска безопасного сеанса Гном". Далее Гном грузится с ключом --falsafe (gnome-session --failsafe). +сбиваются настройки сеанса - то бишь ничерта не запоминает, что надо запустить при старте. (например, gkrellm, acme итд).