Вернее обновляет, но очень редко. Только на одном приложении из более чем десяти прокатило. Если же тот же .desktop файл скопировать, например, в /etc/x11/applnk в такую же директорию, то меню обновляется. Что и где кардинально подкрутить? Чтобы забыть об этой проблеме.