avidemux2, если нужно наглядно резать (к примеру, вырезать битый кусок) без пережатия фильма. Чем-то аналогичен виндовозному virtualdub (который, говорят, без проблем идет под wine).
Для перекодировки применяется transcode и, как указали ранее, mencoder. _Перекодировать_ avidemux'ом не советую, у него нет таких тонких настроек, как у указанного софта.
2Obidos: А склеивать этим avidemux2 можно? И какой у него интерфейс? Хочется консольной утилитки с которой удобно было бы оперировать с многими файлами.
2jackill: Имеется в виду здешний RU.LINUX FAQ? Может быть я был не внимателен, но обнаружил там только известные мне проигрыватели.