Всё там под Федорой точно так же, как и в АСП 9, и в РедХет 9, и в Мандраке 9.1/9.2 - всё АБСОЛЮТНО идентично. Что ты мог "почти всё перепробовать" - не пойму.
Вот так и прописывай - и раскладка у тебя будет в точности соответствовать виндовой, и переключаться будет по Ctrl-Shift, и индикатор загораться когда на русский переключишь. У меня на федорке всё без сучка без задоринки работает.
Для уточнения - надо прописывать ИМЕННО "en_US,ru", а не "us,ru", как обычно - так у меня не прокатило - запятая в русской раскладке не сидела там где надо - вместо неё было - "/" - как в английской раскладке...