Как сделать, что бы выделенный текст всегда копировался...

встречный вопрос, а ты перед тем как вставить закрываешь окно из которого копировал? проверь

Или может еще в другом окне текст скопировал. Иногда бывают непонятные конфликты, что вроде вот оно выделенное есть, но копируется из выделенного в давно закрытом окне.

GLipper?

>GLipper

УГ и глюкаво к тому же. Только klipper

Насчет УГ не соглашусь, а глюкалово - да

>встречный вопрос, а ты перед тем как вставить закрываешь окно из которого копировал? проверь

Закрываю. Тогда вопрос: как сделать, что бы можно было спокойно закрыть окно, после чего вставить текст?

Тебе уже ответили - glipper или klipper с опцией "Не допускать пустого буфера обмена" (для буфера выделения тоже работает).