xmms2 прекрасно работает с .cue и с .ape, в общем, задавай вопросы на irc.freenode.de/#xmms2 Там есть некий финн с ником juhovh, он писал плагин для ape. Не получится собрать/поставить - он (и/или другие помогут).
Потом, я добавил поддержку ape (ffmpeg) и wv (libwavpack) для mpd. Если у тебя арч-линукс - то ты можешь просто собрать всё из аура (там есть пакет с включенными патчами)