Про гном

И первое и второе есть. Первое меняется через gconf-editor. А второе через настройку тем.

Спасибо

>Как в гноме убрать значки на рабочем столе?

gconf-editor => apps => Nautilus => Desktop => Снимай все галочки

> Как менять цветовую схему?

System - Preferences - Appearance. Жмешь Customize, закладка Colors

Цветовая схема меняется не во всех темах, у меня по крайней мере.

Насчет второго
- если тема GTK+ -- pixmap-based, то цвета менять можно перерисовкой этих самых pixmaps =)
- в остальных случаях всё настраивается редактированием gtkrc и/или как описано выше

gnome-color-chooser