Выйди из иксов в консоль, залогинься под рутом, выполни команду /etc/init.d/gdm stop. Затем что-то в этом роде, просто пишу по памяти ))) menus update или updates menu думаю подберешь как правильно. Можешь запустить иксы под рутом немного поколдовать с меню, выйти из иксов, повторить обновление меню и запускай иксы для пользователя, если ты конечно не сидишь все время под рутом ))))
Ну вот вроде и все, будут вопросы пиши, одна голова хорошо, а две, производительность выше ))))