Xorg

Lenny ? Gnome ?

Debian Lenny. KDE.

evdev для клавиатуры? если да, отключи, поставь kdb, hal<=0.5.10. evdev настраивать надо отдельно, подробности в гугле -- на форумах генту и арча.

> А загружается только одна раскладка
А может просто переключение раскладок сбито ?

как рабочий пример :):
Section "InputDevice"
Identifier "Generic Keyboard"
Driver "kbd"
Option "XkbRules" "xorg"
Option "XkbModel" "pc105"
Option "XkbLayout" "us,ru"
Option "XkbVariant" ","
Option "XkbOptions" "grp:ctrl_shift_toggle,lv3:ralt_switch,grp_led:scroll"
EndSection

Загружается только одна раскладка. Мне кажется, что просто настройки не читаются с xorg.conf.

dpkg-reconfigure xserver-xorg переписывает xorg.conf, а старый копирует в бэкап. То, что ты говоришь написано, оно где написано, в текущем xorg.conf?

и покажи свою Section "InputDevice"

Section "InputDevice"
        Identifier  "Generic Keyboard"
        Driver      "kbd"
        Option      "XkbRules" "xorg"
        Option      "XkbModel" "pc104"
        Option      "XkbLayout" "us,ru"
        Option      "XkbVariant" ",winkeys"
        Option      "XkbOptions" "grp:caps_toggle"
EndSection

Section "InputDevice"
        Identifier  "Configured Mouse"
        Driver      "mouse"
        Option      "Emulate3Buttons" "true"
EndSection

Еще дата Xorg.0.log старая.

а попробуйте так: Option "XkbVariant" ","

Section "InputDevice"
Identifier "Generic Keyboard"
Driver "kbd"
Option "CoreKeyboard"
Option "XkbRules" "xorg"
Option "XkbModel" "pc105"
Option "XkbLayout" "us,ru"
Option "XkbOptions" "grp:rwin_toggle,grp_led:scroll"
EndSection

Option "XkbVariant" ",winkeys" - не нужно

> Option "XkbVariant" ",winkeys" - не нужно
так и я о том же :)