В возможностях. Blackbox проще, минималистичнее, более вылизан (?). Fluxbox довольно гибко настаивается.
Если машина слабая настолько, что GTK2 приложения не планируются запускаться - можно ставить blackbox 0.65, или посмотреть в сторону еще более древних (по сути) менеджеров - fvwm2 и т. д.
Если машина не такая уже и старая - лучше взять даже Openbox.
Fluxbox хорош в случае если компьютер слабоват, но хочется что-бы Desktop выглядел необычно. Нужно будет повозится, но результат, как правило, хорош (не забудьте про шрифты artwiz).
Вопрос в том насколько слабая машина. Если памяти <=32Мб, то проблема как раз не в оконном менеджере, а в выборе программ для десктопа. Если больше - разница в потреблении памяти не существенна.
Из не аскетических менеджеров окон наименее прожорливый fvwm2.
Тогда fluxbox без поддержки xfe или старый (из соображений, описанных выше) blackbox. Приложения - на основе GTK1 (если устроят), или FOX. Не- unicode локаль. Ядро желательно 2.4.