Разная комплектация, разные системы packet management'а, идеологические различия, расхождения в структуре каталогов.

Различные утилиты конфигурирования к тому же

Программы из консоли

Можно их даже так разделить (если что упустил - извините, я не все
пробовал):

REDHAT SUSE(похож на Debian Slackware
| | redhat, кроме (несколько (не для новичков)
| Mandrake своей системы другое расположение
ASPLINUX | YAST и YAST 2) конф-файлов и кое-что
| еще)
ALTLinux (кроме master 2.0,
очень отличается по системе)

Программы из консоли

черт, схема не получилась.
Короче говоря
Есть redhat. suse, debian и slackware
От редхата пошел asplinux.
От него же пошел mandrake
от mandrake пошел altlinux (возможно что-то еще)
за исключением master 2.0, который сильно переработан.
Suse имеет хитрый инсталятор-настройщик yast И yast2
debian различается каталогами и положением конф-файлов
(и особой стабильностью)
slackware отличается отсутствием дурацких (и вообще любых)
зависимостей и нет rpm, если не ошибаюсь (его ни разу не
пробовал - только у знакомых слегка копался). Продуманные
конф-файлы, тяготеет к консоли.
Все.

ну если так...

Сусе пошел от Слаквари, но перенял Редхатовскую систему пакетов rpm, а недавно еще и Дебиановскую систему обновления apt. Свои конфигурялки - yast

Дебиан имеет свой собственный пакет-менеджер и пакеты deb, а также очень модную систему обновления apt. Кроме того, он абсолютно некоммерческий, и наиболее следует стандартам, как мне показалось.

РедХат - крупнейший игрок. Своя система пакетов rpm, свои конфигурялки - linuxconf

Мандрейк - пошел от Редхата. Редхатовские rpm, несколько переработанные конфигурялки drakeconf

Слакварь - простейший дистрибутив. BSD-инит, пакетный менеджмент практически отсутствует (используются tgz-архивы), конфигурялок нет как явления - кроме трех-четырех простейших.

altlinux - пошел от мандрейка, сильно переработан, перенял дебиановсую систему обновления apt...

В общем, взаимопроникновение идет по полной программе...

Кое-какие нюансы - Mandrake(возможно и Alt-Linux,ASP-Linux,Suse не знаю)имеет отпимизированные пакеты под 586,RedHat только i386,Mandrake также заявляет о 100% совместимости с RedHat(возможно это осталось со старых дистров,сейчас это уже не так)

P.S.Говорят,что такая оптмизация добавляет 20% производительности

LineReader