гыгыгы
ИМХО с двумя буферами наоборот очень удобно, особенно когда приходится много вырезать-вставлять разного, но периодически повторяющегося текста. Выделение и клик средней кнопкой вообще рулят.
Похожие проблемы: из емакса (с gtk-ифейсом) нельзя ничего скопировать так, чтоб можно было куда-то это вставить, кроме самого емакса, а наоборот - ок, например gedit -> emacs.