Hash сумма .iso образа

Хеши одних и тех же файлов в разных образах одинаковы? Если нет, то самое время беспокоится: диск, память проверять.

Порядок наполнение .iso образа, даже не подумал про это. Все файлы в каталоге идентичны, время между повторным созданием .iso 1-2 минуты, но хеши вот да разные

Информация о времени создания файла и всё такое прочее.

значит образы получаются разными.
как уже сказали, вполне возможно дело в мета-параметрах, входящих в наполнение образа, файлов.

Для DVD диска необходимо учесть служебную информацию. Если есть образ диска:

echo $(( $(ls -l img.iso | awk '{ print $5 }') / 2048 ))
dd if=/dev/sr0 bs=2048 count=xxxx | md5sum

Если в наличии только физический носитель:

echo `sudo isosize /dev/sr0` /2048 | bc -l
dd if=/dev/sr0 bs=2048 count=xxxx | md5sum

Также см. (Volume size is & Logical block size is):

isoinfo -d -i /dev/sr0
dd if=/dev/sr0 bs={Logical block size} count={Volume size} | md5sum

Про метаданные ФС в образе уже сказали.

Повторюсь: если хеш файла в каталоге-источнике и хеш этого же файла в образе одинаковы «всё хорошо».

diffoscope в помощь

Если файлы «достаточно маленькие», то в хвост исошки набивается мусор.

Сами страдаем от такого…

хеш сумма

Тут была похожая тема месяца три назад, насчёт

Linux и побитовая идентичность бинарников

Советую посмотреть в сторону технологии jigdo, на предмет того, как они справляются с корректностью хэш-сумм исходников. Там у них с этим всё ОК: после загрузки дебиановских .deb-пакетов и прочего контента .iso образа, хэш-суммы какие надо.