wine & bat

Зачем?

Речь o "TheBat" или о ".bat" файлах?

В ~/.wine/drive_c/windows/system32/
есть файлик wcmd.exe. Как наверное понял из названия это cmd. Вообщем запускаешь с помощью вайна, а уже в ней можешь пускать свои батники.