После открытия файла и его сохранения, все дробные значения сбрасываются до целого. Т.е. проблема в десятичном разделителе. Если запускать так $ LC_NUMERIC=en_US.utf-8 flatpak run org.gnome.Glade
то работает нормально. Это баг или проблема на моей стороне?