Почему я настраиваю DNS вручную, а в nslookup 127.0.0.1?

Потому что гребаный dnsmasq.

как настроить bind и сделать запись. named-chroot.service (Failed to start Berkeley...) (комментарий)

а что с ним и что он делает?

типа локальный днс, я так понял убунта сама кеш делает и потом его использует в качестве основного

Эта ересь весь днс трафик направляет через себя, типа кеширует. По факту у меня выступала причиной медленного оезолбвинга, снёс к чертям.

Понял.

Я не хочу отключать dnsmasq. Я просто хочу узнать, что ответ идет от установленного вручную DNS-сервера.

Да, и как сбросить кэш этого кэширующего днс-сервера?

Надо, чтобы все шло через 77.88.8.7 и 77.88.8.3. Через другие DNS не шло.

Настраивать надо ;) соединение ;) Руби dhcp и ручками, ручками. В resolv.conf ничего не прописывай, как выше писали - кеширующий всё равно поменяет на внутренний.

и как сбросить кэш этого кэширующего днс-сервера?

зачем?

Если в NetworkManager указал руками адреса NS, то NM их скормит системному dnsmasq.