Как отключается эту хрень внизу?

https://github.com/wincinderith/topicons например

Вроде есть расширение — Hide Legacy Tray

https://extensions.gnome.org/extension/495/topicons/

на сайте же поищи topicons, их там 3 штуки

Путём закрытия всех программ, использующих трей.

С какого времени оно считается Legacy? Вот умора.

с тех самых, когда в гноме вместо персистентных иконок в трее ввели систему уведомлений

Это — доска позора GNOME 3. Там показаны те приложения, которые так и не смогли в https://developer.gnome.org/notification-spec/

Отключается оно путём удаления Legacy-приложений и перехода на современные аналоги.

С тех пор, как XEmbed-трей был признан устаревшим.

Поставь Unity — эта хрень станет наверху

Разве установка sni-qt не решает эту проблему?

А как оно вообще должно выглядеть? Какие приложения уже умеют в это?

Новый гном - tray icons теперь действительно все.

В гном вернули трей, хотя лучше бы не возвращали.