Сделал все как написано в этой статье:
http://www.opennet.ru/base/X/media_keys.txt
Разве что, поменял mixer на aumix.
При нажатии любой из клавиш регулировки громкости (других нет) ввод с клавиатуры блокируется, то есть не могу ничего ввести ни в каких приложениях, при это громкость можно продолжать регулировать, также работают клавиши capslock, alt, tab и прочие. Все тоже самое в openbox работает прекрасно.
Куда копать? Или придется менять fluxbox на openbox(что очень не хотелось бы)?