Может ли actkbd поменять обработчики Caps Lock и Правого Ctrl?

проще всего xmodmap-ом, он хоть и легаси, но работает

У меня на сабжевые клавиши кое-что понавешано из иксов и я считаю, что с этим xmodmap недостаточно гибок.

А у меня вот этот волшебный xmodmap -e 'keycode 37 = F13' возвращает 1 (и естественно, ничего не меняет), если его из .xinitrc запускать.

недостаточно гибок - пиши rules-ы для xkbcomp

.xinitrc тоже легаси

Ну а откуда еще можно запустить?

хз, у меня из .xsession вызывается

Да так чтобы иксы ничего не заподозрили.

Меняй через udev.

Да так чтобы иксы ничего не заподозрили.

Чем setkeycodes не подошел?

λ> cat /etc/rc.local |grep setkey
setkeycodes 3a 29