у меня нет исходников PHPStorm'а, только Community Edition, посему погонять под профайлером его не могу. Рекомендую пойти в официальный багтрекер и зафайлить баг
попробуйте удалить(переместить,переименовать) папку с настройками Идеи и запустить «с чистого листа». Может быть где-то поломался кэш.
есть ли нестандартные установленные плагины? Может быть тормозят они