Если сервер ftp *nix'овый, то можно ему в cron задание прописать, чтоб генерил раз в сутки перед твоим бэкапом файлик с контрольными суммами, а ты потом в скрипте его вместе с данными будешь стягивать и сравнивать, я бы так сделал... Если сервант Виндовый - то аналогичную штуку можно через nncron сделать.