CVS и /etc

> CVS от рута не работает

Это как это?

> жестоко херит пермишины при checkout'е

Как вариант - написать скрипт-оболочку, который перед checkin будет обегать каталоги и генерить скрипт, расставляющий нужные permissions, а при checkout запускать этот скрипт.

Если уж требуется писать скрипт для адаптации CVS под 
отслеживание изменений в /etc, то проще написать свой скрипт

# cp -a /etc /var/lib/etc


По крону:
find /etc -type f -exec /usr/local/sbin/My_diff_check.sh {} \;

cat /usr/local/sbin/My_diff_check.sh

#! /bin/bash

ORIG='/var/lib'
file=$1
name=`basename $file`
DATE=`date +%s`

if ! cmp -s $file ${ORIG}$file; then
  # файл изменился
   diff -u ${ORIG}$file $file >$ORIG/DIFFS/${name}_$DATE
   cat $ORIG/DIFFS/${name}_$DATE | mail -s "File $file changed" you@your_mail.ru
   cp $file ${ORIG}$file
fi

Спасибо за скрипт.
Попробую.

Попробуй, только учти я его писал прямо здесь и ничего не проверял