Мне нужно в определенный момент времени записать лог файл, для этого я и пишу свой скрипт.
У меня в screen в режиме дебага врублен процесс, программа script записывает лог файл. Чтобы выйти из режима дебага, нужно нажать ctrl C. Иначе команды, отправленные на этот терминал просто попадают в лог и все.
Решил проблему killall screen. Криво, но работает)
Если у кого есть информация про ^C, пишите, может кому поможет.