Как накладывать патч на kernel 2.6 ?

может надо не -p1, а -p0 или -p2?

Эта опция отвечает за кол-во отрезанных директорий от начала, при указании в .patch пути к файлам, что будут патчится.

На счет -p1 - правильно, в патчах ядру оно так и есть (хотя никогда не мешает заглянуть в patch-файл и проверить)
А не патчит оно потому, что надо сделать
mv patch-2.6.9-rc1 /usr/src/linux-2.6.8.1
cd /usr/src/linux-2.6.8.1
patch -p1 < patch-2.6.9-rc1

Отрезая каталоги (в данном случае один) с помощью -p1, мы изменяем пути к файлам, загляните в сам patch и посмотрите какие пути при этом получатся - сразу поймете, почему патч (точнее текущий каталог) должен находиться в /usr/src/linux-2.6.8.1

Совет от spirit помог,спасибо !!!