это зависит от дистрибутива. общее правило - эти действия надо запихнуть в скрипты которые выполняются при переходе на 0-й или 6-й ранлевел. в слаке, например, это /etc/rc.d/rc.6 . в редхате и ему подобных - соответствующие линки в /etc/rc.d/rc0.d/ и /etc/rc.d/rc6.d/