прерывается ping на сервер.

смотри load на серваке и загрузку конкретно сетевого интерфейса. может ему совсем не до того чтоб на твои пинги отвечать?

интерфейс в гигабите, нагрузка на нем не более 40Мбит.

eth0 Link encap:Ethernet HWaddr **************
inet addr:******** Bcast:62.16.0.255 Mask:255.255.255.0
UP BROADCAST RUNNING MULTICAST MTU:1500 Metric:1
RX packets:451034883 errors:0 dropped:0 overruns:0 frame:0
TX packets:794084101 errors:0 dropped:0 overruns:0 carrier:0
collisions:0 txqueuelen:1000
RX bytes:2663224165 (2539.8 Mb) TX bytes:1487875805 (1418.9 Mb)

# ethtool eth0
Settings for eth0:
Supported ports: [ TP ]
Supported link modes: 10baseT/Half 10baseT/Full
100baseT/Half 100baseT/Full
1000baseT/Full
Supports auto-negotiation: Yes
Advertised link modes: 10baseT/Half 10baseT/Full
100baseT/Half 100baseT/Full
1000baseT/Full
Advertised auto-negotiation: Yes
Speed: 1000Mb/s
Duplex: Full
Port: Twisted Pair
PHYAD: 1
Transceiver: internal
Auto-negotiation: on
Supports Wake-on: umbg
Wake-on: g
Current message level: 0x00000007 (7)
Link detected: yes

проц тоже холодный.
# uptime
16:32:37 up 2 days, 2:06, 3 users, load average: 0.47, 0.26, 0.30

почти постоянно 98% idle

iptables-save

>в этот же свитч, для эксперементов, была включена еще одна машина, на нее пинг не пропадает.

Свичи бывают разные, бывают всякие storm control и т.д. Хотя бы не D-Link?

>load average: 0.47, 0.26, 0.30

>почти постоянно 98% idle

98 idle при LA 0.47? Большая дисковая нагрузка?

Посмотрите вывод dmesg, может происходит ресет сетевки. Задержка ответов на ping происходит без потерь пакетов? Если сервер не очень загружен, может запустить tcpdump на перехват всех icmp пакетов, может по времени прихода/ухода ping'ов будет понятние где задержка --- в приеме или в передаче...

да, это файловый сервер, там более 10Тб дисков в RAID 5 (несколько массивов).

попробую последить за dmesg, но сложно предсказать когда будут потери, можно ждать и часами.

может, сетевушка или драйвер с приколом? попробуй на другом ядре запустить. благо, как я вижу, это gentoo :)

> Вариант со шнурками и битым портом на свиче отвергаем сразу, в syslog в этот момент ничего необычного ...

syslog - не доказательство исправности железа. В принципе, самый банальный вариант - неисправность пары, передающей от компа к свитчу. Комп слышит свитч и думает, что линк есть, но свитч компа не слышит. ...Правда, увы, не знаю, как оно устроено в гигабите.

Попробуй (на время) сменить модель сетевухи (вместе с драйвером) и/или свитч. Думаю, порт свитча ты уже менял?

Можно также запустить пинг от самой этой машинки куда-нибудь в той же сети и посмотреть код ошибки при пропадании пинга - timed out или Destination Host Unreachable. afaik, второе означает, что всё не так просто, как ты описываешь (либо сетевуха-таки видит пропадание/непригодность линка, либо проблема где-то в самой машинке).

Можно тупо в цикле сделать ежесекундный ifconfig (и записывать это в лог), чтобы посмотреть на динамику TX/RX packets в момент пропадание связи.

А может, её просто кто-то как-то досит?

Вариантов много, без контекста трудно что-то выбрать.