DNS

This is part of named.conf:

options {
directory "/var/named";
/*
* If there is a firewall between you and nameservers you want
* to talk to, you might need to uncomment the query-source
* directive below. Previous versions of BIND always asked
* questions using port 53, but BIND 8.1 uses an unprivileged
* port by default.
*/
// query-source address * port 53;
};

Take attention on "Previous versions of BIND...."

Может этот порт открыла твоя программка, которая в этот момент обращалась к DNS серверу, т.е. работала в качестве клиента ?
Если так, то она и не должна была открывать 53-й порт...