можно ли настроить систему так, что бы fetchmail вызывался всякий раз...

В теории для xinetd и подобного - пишется скрипт, который в начале вызывает fetchmail, а потом pop3d и говорим xinetd что сервер у нас - вот этот скрипт. НО могут быть подводные камни типа того что fetchmail скушает input, который не ему предназначается. Надо попробовать на натуре.

Мне кажется что это не пройдет, потому что fetchmail запускается от конкретного пользователя, а если его запускать до pop-сервера, то аутентификации нет, и fetchmail не работает.