Удаляется qemu-kvm при обновлении Ubuntu 20.04

Это сильно! Ну ладно пакет удалили, но удалять какие либо конфиги, тем более конфиги созданные пользователем… просто мегамозг какой-то додумался до такого…

Не удаляется. Как обновляешь?

В норме не должен, по идее.

Могу посмотреть полную диагностику, может подскажу:

uname -a
lsb_release -a
dpkg --print-architecture
dpkg --print-foreign-architectures
grep -v -e '^#' -e '^$' /etc/apt/sources.list
grep -vH -e '^#' -e '^$' /etc/apt/sources.list.d/*
LANG=C apt install -sf
LANG=C apt list --installed 2>/dev/null