Ну вообще-то должны быть, тем более на 16.04. Попробуйте вручную их создать.

Ты что-то скрываешь, в убунту 16.04 каталог sites-available присутствует из коробки —

/etc/nginx/sites-available/default

Нет нет

ls /etc/nginx/  
conf.d          koi-utf  mime.types  nginx.conf   snippets      vhosts-includes
fastcgi_params  koi-win  modules     scgi_params  uwsgi_params  win-utf

Я и говорю, что ты что-то важное скрываешь. Например, что у тебя nginx не из официального репозитория. А то и вообще самосборный.

Ручками в конфиг уже не комильфо ?

В каждый из конфигов прписываешь сайт и инклюдишь

Расслабься, это не волшебные каталоги, а самые обычные. В sites-available в дебианах обычно лежат все виртхосты, а в sites-enabled только те, которые сейчас включены (обычно, симлинками в sites-available). Все это реализуется за счет директивы include из основного и дочерних конфигов: содержимое sites-enabled инклюдится, содержимое sites-available - нет. И ты совершенно свободно можешь эти каталоги не использовать, никто не заставляет - фигарь все в один файл, если там один сайт - так даже удобнее будет.

А как вы догадались, что он левый?

Я просто учусь, мне интересно

Спасибо

Потому что в пакете из официального репозитория этот каталог есть. Очевидно, есть два варианта этого — либо каталог был удалён ручками, но тогда вопрос «куда он делся?» выглядит несколько странновато, либо пакет не из официального, а из такого, где этот каталог в пакет не кладут.

Их нет с коробки потому что они устарели? И сейчас уже не принято?

В официальном их никогда не было (это который тут: http://nginx.org/en/linux_packages.html)

Они есть только в репах дебианообразных.

Как делать лучше, лаконичнее поступать, прописывать сервера в nginx.conf или использовать sites-available и sites-enabled?

Прописывать в conf.d/*, будет работать везде.