есть что-то типа хуков?

если обновляется какой-то пакет, внутри хука выполнить команду(sed), чтобы зареплейсить строку конфига

На системных конфигах по идее конфликт должен быть, и оно замержить руками даёт. Если на автопилоте надо - тоже вероятно настраивается(наподобие git-овых --ours/--theirs). Поэтому вот это

При обновлении пакетов, конфиг докера меняется на дефолтный

станно звучит. Invalid debconf level?

Если пакет умеет в настройки debconf, то debconf-set-selections

Если ничего не умеет, то есть хук post-invoke, но у него есть минус - он вызывается каждый раз и передать название пакета в скрипт напрямую нельзя. Например

/etc/dpkg/dpkg.cfg.d/my-invoke:
post-invoke=/path/my-script-grep-dpkg.log-for-package-NameAndStatus-and-run-something

тоже самое делается в
/etc/apt/apt.conf.d/my-invoke:
DPkg::Post-Invoke {"/path/my-script";};