Гм ... а может в /etc/syslogd.conf появилась строчка, в которой содержиться запись /dev/console - тогда логи будут кидаться на консоль (по умолчанию первая консоль).
Какой уровень логирования iptables ты поставил?
Я эксперимент. путем выяснил, что оптимальный log-prefix 6
Если меньше, то будет дублированиеи в лог и на экран