По каким понятиям монтируются диски в /media/user и /mnt

«Проконсультируйтесь с местным авторитетом» © K & R

Вроде отдельный /media/ как раз сделали, чтобы автоматическое монтировение в гуе не мешалось с ручным в консоли.

Кеды в /run/media монтируют так-то. На самом деле разделение простое - /mnt лкальные перманентные маунтпоинты, /media устройства со сменными носителями, /run/media сгенерированные маунпоинты

Прописать при монтировании mount-point в /media/user. Ваш КО

Пользователь монтирует в /mnt/somedir, эта директория создана для монтирования вручную. А система монтирует в /media автоматически. Подерки на Systemd монтируют куда-то в задницу: /var/media/username/mountpoint. Яйца выкручивать Поттерингу за такое «очевидное» решение - как и за имена сетевых интерфейсов hashfopawhfqwp0

как в консоли прописать чтоб монтировался диск как через nemo в /media/user?

man udisksctl

mount

Mounts a device. The device will be mounted in a subdirectory in the /media hierarchy - upon successful completion, the mount point will be printed to standard output.

/media/user

Вроде уже несколько лет как /run/media/user. Или у тебя симлинк /media -> /run/media/ ?

а все мануалы по пингвину пишут о /mnt

Это мануалы для бородатых админов. Вот сидишь ты в консоли на недозагруженной системе. Ничего не работает, никаких твоих «проводников». Потребовалось временно другую ФС смонтировать. Куда смонтируешь? Вроде бы, не суть важно куда, в любой пустой каталог. Но в UNIX-е всё было предусмотрено, чтобы был порядок. Специально для этого /mnt/.

man fhs

/mnt для ручного монтирования, чаще всего используется только рутом, и тебе туда лезть просто не нужно.

спасяба