Родина им дала автоматизацию - пользуйся! Не хочу, хочу возить мышой. И это линуксойды? Всю жизнь знал, что главная беда линукса - в ламерах виндовозных, у которых млять указательный палец к мышке прирос... за*бали уже...
dehydrated делает это практически незаметно для пользователя - прописать алиас на веб-сервере - обычно не проблема. Если сервер за бэкендом - есть вариант с DNS. Согласен, что нужно больше методов валидации, но разобраться в этом не составляет труда и вменяемые альтернативные клиенты(не требующие рута на каждый чих) - наше всё.
Когда у тебя один сертификат - тебе пофиг. Когда их счет идет на десятки - начинаешь задумываться об автоматизации.
Ну... эта... вообще _любому_ способу проверки владения доменом придётся отдавать динамический контент тем или иным образом. Только в случае LE это за тебя делает скрипт, а в случае $your_shitty_CA это нужно делать руками и возить мышой. Что сказать-то хотел?