Скрипт для бекапа - cron/systemd.timer, root или отдельный пользователь

голосую за ansible playbook запускаемый через jenkins

А вообще без разницы. Я бы сделал через systemd. У крона имеются косячки в формате задания нужного времени/даты

С другой стороны, кроном можно управлять через kde-config-cron

Буду благодарен за лаконичный

Пофигу.

аргументированный ответ.

Будет работать и так, и этак.

У крона имеются косячки в формате задания нужного времени/даты

Какие?

Уже не вспомню с какими косяками сам раньше сталкивался, но вот выдержка из убунтовского /etc/cron.d/mdadm:

# By default, run at 00:57 on every Sunday, but do nothing unless the day of
# the month is less than or equal to 7. Thus, only run on the first Sunday of
# each month. crontab(5) sucks, unfortunately, in this regard; therefore this
# hack (see #380425).
57 0 * * 0 root if [ -x /usr/share/mdadm/checkarray ] && [ $(date +\%d) -le 7 ]; then /usr/share/mdadm/checkarray --cron --all --idle --quiet; fi

помню, что тоже приходилось что-то на баше костылить

Скорее недостаток функционала, чем косяк.

Можно и так сказать)

Так а с пользователем для запуска скрипта что? Создать отдельного или от рута запускать?

Тож без разницы. Я от своего юзера запускаю. А если надо что-то монтировать - от рута. А если и возникнет потребность обеспечить защищенность, то можно и кастрированного юзера создать и богатые возможности изоляции от systemd заюзать. Но для повседневных нужд это зачем?