Проблема с логами на сервере

Ну в 3 ночи происходит ротация, так что это может быть нормально.

А про задания крон я не понял, исчезли задания из /etc/crontab, /etc/cron* или записи в логах про выполнение этих заданий?

из /var/spool/cron/root

Наверное, нужно смотреть что у тебя с ротацией в /etc/logrotate.d/

Не встречал такого. Если вы ещё не редактировали этот файл, посмотрите время изменения его и каталога /var/spool/cron и попробуйте посмотреть по логам, может какое обновление в это время устанавливалось.

из /var/spool/cron/root

«Добро пожаловать на борт» это не вэб у вас на какой-то vds/vps/etc ? Если да, то скорее хакнули.

что произошло

В лучшем случае вы сами где-то накосячили.
Хуже, если это программно-аппаратный сбой.
Совсем плохо, если сервак скомпрометирован.

что нужно делать

Зависит от того, что хотите получить в итоге.