openfire+mysql

mysql -uroot -p ?

Проходит, так же проходит mysql -uroot -h 127.0.0.1/localhost -p Если бы были проблемы с правами - то сервер не попал бы в мускуль и не создал бы таблицы в базе(или я не прав?).

Для информации:
root@r38p-01-IM-OF:~# mysql -V
mysql Ver 14.14 Distrib 5.5.38, for debian-linux-gnu (x86_64) using readline 6.2

root@r38p-01-IM-OF:~# uname -a
Linux r38p-01-IM-OF 3.2.0-4-amd64 #1 SMP Debian 3.2.46-1 x86_64 GNU/Linux

/etc/hosts
127.0.0.1 localhost.DOMAIN localhost
10.38.136.216 r38p-01-IM-OF.DOMAIN r38p-01-IM-OF

java ставилась отсюда: http://ppa.launchpad.net/webupd8team/java/ubuntu

root@r38p-01-IM-OF:~# java -version
java version «1.7.0_67» Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_67-b01)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 24.65-b04, mixed mode)

root@localhost и 'root'@'localhost' это два разных пользователя. Что у вас прописано в тегах <username> в openfire.xml?
У меня например username прописан так:

user@webserv:~$ cat /etc/openfire/openfire.xml | grep user
<username>root</username>

Там не разберешь, что написано =/

<username encrypted="true">4ff23ec99b90d452524eabce8965d4afdc81edd8c142f4b2</username>

Так, ради прикола:

root@r38p-01-IM-OF:~# mysql -u 'root' -h 'localhost' -p
Enter password:
Welcome to the MySQL monitor.  Commands end with ; or \g.
Your MySQL connection id is 242
Server version: 5.5.38-0+wheezy1 (Debian)

Copyright (c) 2000, 2014, Oracle and/or its affiliates. All rights reserved.

Oracle is a registered trademark of Oracle Corporation and/or its
affiliates. Other names may be trademarks of their respective
owners.

Type 'help;' or '\h' for help. Type '\c' to clear the current input statement.

mysql>

Копать в сторону логина и пароля. Кстати, рекомендуется создавать под каждое приложение отдельного юзверя базы данных.

Изначально так и было. Потом уже, что бы не париться начал делать под рутом.