в какую группу надо добавить пользователя, чтобы у него стали доступны порты до 1000?

Ни в какую

Прочти вот это http://www.linux.org.ru/profile/boatman/view-message.jsp?msgid=1015103

обрати внимание на iptables -t nat -A PREROUTING -d MY_IP -p tcp --dport 411 -j DNAT -to-destination MY_IP:4111

и http://www.olafdietsche.de/linux/accessfs/

тогда почему после запуска попапник KSalup ругается:

<<Socket initialization failed. Kasalup must be run with root privileges in order to be able to receive any messages>>

А в чем тогда, собственно, вопрос? Он же четко говорит, что должен быть запущен из-под рута...

authbind

По моему это привилегии рута.