Во многих случаях шипение PulseAudio — следствие работы энергосбережения, когда драйвер звука постоянно входит и выходит из энергосберегающего режима.
Решение — выключить энергосберегающий режим для ALSA (даже при использовании PulseAudio, так как PulseAudio в большинстве случаев это надстройка над ALSA).
Сделать это для драйвера snd_hda_intel можно так:
echo "options snd_hda_intel power_save=0 power_save_controller=N " >>/etc/modprobe.d/alsa-base.conf
Решение проверено на чипе ALC887-VD.
Обсуждение похожих проблем с PulseAudio: Решение проблемы трещащего звука c микрофона
