Avogadro - продвинутый кроссплатформенный редактор молекул, который может использоваться в молекулярном моделировании, биоинформатике и других связанных с химией областях. Avogadro имеет гибкий визуализатор и расширяемую архитектуру.
В новой версии много улучшений и усовершенствований в отображении молекул, переделано меню, добавлена поддержка локализации.

Список изменений: http://avogadro.openmolecules.net/wik...
Скриншот: http://sourceforge.net/project/screen...
Tar/BZ2: http://downloads.sourceforge.net/avog...

>>> Сайт проекта (openmolecules.net)

QSpider - это свободная программа для моделирования механических систем.

Изменения:

• Реализована анимация модели (создание графиков анимаций для любого из параметров модели с возможностью визуального редактирования, воспроизведение движения моделей согласно графикам).
• Добавлена возможность установки ограничений параметров для систем координат.
• Доработано математическое ядро для расчета ограничений параметров.
• Реализовано дополнительное независимое масштабирование объектов (сферический объект).
• Доработан модуль Undo/Redo операций. Реализована глобальная база операций QSpider.
• Доработан формат записи проекта.
• Исправлена ошибка перезаписи проекта в Linux.

>>> Подробности (qspider.org)