> заканчивая тем, что большая часть софта вместе с его настройками лежит в /usr/local
Вот уж не думал, что это недостаток. Интересно, а у себя в квартире Вы тоже в одном углу все храните или все таки разбираете - книги отдельно, инструменты отдельно...?