Gnome Chemistry Utils 0.8.6

>> Все мои знакомые химики считают только на HyperChem'е.

> "Твои знакомые химики" -- это студенты 3-4 курса? Более чем на рисование молекулы гиперкем не пригоден (ну и обучения студенов). Нормальная квантовая химия считается на gamess, molcas, molpro, nwchem, dirac, molfdir, psi, mpqc. Список можно продолжить.

+1 Все мои знакомые химики-рассчётчики начинали с HyperChem-а на 2-5 курсе, и через месяц с него уходили на что-нибудь посерьёзнее.

> Есть предложение обсудить набор используемого софта.

Решение структуры на монокристалле: SHELX-97 Уточнение структуры на порошке: GSAS Индицирование порошкограмм: TREOR-90 и самописные программы Рисование структур: Atoms, Diamond

Заодно вопрос, раз уж здесь столько специалистов: кто что может сказать про http://www.abinit.org/ ?

Ок. Расшифровка и уточнение - SHELXTL последние версии, благо есть бинарники под линукс. Новый xp (нативный) не понравился - виндовый под вайном работает, особенно хорошо если поставить какой-то шрифт (какой не помню). Mercury + кое-что самописное для анализа экспериментальных структур. Для подготовки к публикации - shelx + скрипт на перле который его заполняет. И - да, пишет стандартную экспериментальную часть (в rtf :) )

Для расчетов - разные приблуды для подготовки, (хочу отметиь http://gabedit.sourceforge.net). PCGamess для квантовой химии (извините, считать UHF-MP2 как-то не доводилось, а вот градиент MP2 в RHF действительно очень быстрый). Единственная проблемка - отсутствие некоторых базисов для переходных металлов и вообще элементов больше 4 периода - решается обычно нахождением работ по ссылкам из гауссиана с экспонентами и коэффициентами. Ну, мы еще кристаллики посчитываем, пользуясь CPMD и проприетарным VASP'ом, впрочем он того стоит.

Для рисования картинок - или Diamond'ом под вайном (либо нативно - не все под линуксом сидят). Или, как не парадоксально - xp, ибо имеется приблуда на C переводящая всё и вся в этот формат.

вот, я как раз искал, что в школы ставить

http://gchemutils.nongnu.org/

Хе-хе на первой странице цианид, прикольно, ребята с юмором!

> Считающих "на HyperChemе" нужно убивать быстро и насовсем.

+1E6

> Уважаемый, а как насчет собрать пакет самому

Тогда не удивляйтесь, что винда будет как и прежде рулить на дескопе.

> или заплатить кому-нибудь чтобы он собрал?

Нашел лоха!

> Или если опенсорс, значит сразу все нахаляву?

А разве нет? Кому нужен опенсорс за деньги, который не выдерживает конкуренции с платным софтом, который к тому же не надо компилировать? Только за счет бесплатности и имеет свою нишу среди гиков-фанатов, которые готовы вечно компилировать или довольствоваться старыми версиями.

>"Твои знакомые химики" -- это студенты 3-4 курса? Более чем на рисование молекулы гиперкем не пригоден (ну и обучения студенов). Нормальная квантовая химия считается на gamess, molcas, molpro, nwchem, dirac, molfdir, psi, mpqc. Список можно продолжить.

Спасибо, просветили! Буду теперь знать. Пойду ругаться с химиками :)

P.S. Я, конечно, понимаю, что джаст фор фан и автор никому ничего не должен. Но если взялся писать программу бесплатно, а на сборке пакетов для лохов или телефонной поддержке как правильно устанавливать программа gchemutils заработать нереально(подумайте над этим), то нельзя ли быть более гуманным и предоставлять _пользователю_ _готовую_ программу, а не исходники, которые нужны _только_ разработчикам? Или разработчики из ненависти к пользователю выкладывают только исходники по принципу "жрите что дают и компилируйте-компилируйте-компилируйте, красноглазики" или авторы считают, что если пользователь линуксоид - то или разработчик или красноглазик приросший к компилятору?

> А разве нет? Кому нужен опенсорс за деньги, который не выдерживает конкуренции с платным софтом, который к тому же не надо компилировать? Только за счет бесплатности и имеет свою нишу среди гиков-фанатов, которые готовы вечно компилировать или довольствоваться старыми версиями.

Родной, песочку принеси. Уж где-где, а кв. химии платный софт без исходников имеет дурную репутацию и довольствуется нишей "для домохозяек"

> Спасибо, просветили! Буду теперь знать. Пойду ругаться с химиками :)

Приходи, родной, приходи :)))

Рассказывать он мне будет про седьмую воду на киселе.

Понимаете, автор опенсорсного продукта - это не фирма из нескольких сотен сотрудников. Многие OSS-проекты делают, буквально, один-два человека. И у этих людей может банально не хватать времени собрать пакеты для двух сотен существующих в мире дистрибутивов.
Опенсорс - это командная игра. Вася написал супер-пупер программу, Коля собрал пакет, а Петя прислал багрепорт. А вы хотите сидеть на заднице и ждать когда вам принесут бесплатный аналог фотошопа/3дмакса/протулз/чего-то еще. Извините, но тогда вам лучше оставаться на винде.

>Тогда не удивляйтесь, что винда будет как и прежде рулить на дескопе.

Она там рулит только у лохов.

>Нашел лоха!

Под виндой других и не бывает...

>А разве нет?

Нет.

> Она там рулит только у лохов.

> Под виндой других и не бывает...

Еще один малолетний сопливый красноглазик. Ничего, вырастишь и переосмыслишь свою жизненную позицию. У тебя есть мать/отец/брат/cестра/дяди/тети? Если хоть один из них работаетпод виндой, значит по-твоему он лох. наберись смелости и скажи им об этом.

> Понимаете, автор опенсорсного продукта - это не фирма из нескольких сотен сотрудников. Многие OSS-проекты делают, буквально, один-два человека. И у этих людей может банально не хватать времени собрать пакеты для двух сотен существующих в мире дистрибутивов.

Т.е. причина покладательства на юзеров - зоопарк недобитых дистрибутивов? А я давно говорю, что уже сто раз надо было стандартизовать формат пакетов.

Он уже давно стандартизирован, и любой юниксойд знает его это tar.gz

Хватит ныть, унылый анонимус. Когда мэйнтейнер пакета в твоём дистрибутиве соберёт и протестирует пакет, тогда он и появится в репозитариях. Не можешь ждать - компилируй сам и не заливай слезами клавиатуру.

> В репозитарии нет, официальный сборок тоже. Вывод: в топку. Авторы пусть сами играют в компиляторщиков.

Анонимус, ты по-моему стал слишком уж радикальным гномером.

сидеть в linux и упорно отказываться компилировать и разбираться с проблемой? ггг. Продолжайте ждать дебов тогда. В этом случае стоит вспомнить чудесное, и зря забытое, слово "Ламер"!!!

З.Ы.: Винда то стоит еще?

WebMO еще удобная вещь. Ну и про Molden не забываем )

PC Gamess настолько шустро лопатит casscf, что надо еще посмотреть, не быстрее ли он US Gamess-а с его аналитикой :) А вот связанных кластеров в pc gamess действительно не хватает.

> PC Gamess настолько шустро лопатит casscf, что надо еще посмотреть, не быстрее ли он US Gamess-а с его аналитикой :)

Проблема может быть не в скорости, а в том, что получисленные частоты могут тупо не сходиться из-за нестабильности casscf-решения. Я как раз на такую проблему наткнулся.

> Хватит ныть, унылый анонимус. Когда мэйнтейнер пакета в твоём дистрибутиве соберёт и протестирует пакет, тогда он и появится в репозитариях. Не можешь ждать - компилируй сам и не заливай слезами клавиатуру.

Мне эта программа особо не нужна. Я обращаю внимание на множественные факты плачевного состояния в плане софта для зоопарка Linux-систем, где разработчики шлют нах пользователей сотен дистрибутивов и дают только исходники для разработчиков. Пользователь не должен быть _вынужден_ рыться в исходниках или собирать из них пакет если он не является разработчиком. А оправдания "жди ибилдов или залезь да подкрути болты" распечатайте и повесьте себе на стену для собственного успокоения. Я спрашиваю почему до сих пор нет нормального способа установки программ, рассчитанного на обычных пользователей, или разработчики в погоне за джаст фор фаном совсем забыли для кого они делают программы?

> Он уже давно стандартизирован, и любой юниксойд знает его это tar.gz

Это не пакет это исходники для разработчиков. Пользователи уже давно не носят белых халатов, не пользуются перфокартами, не перепаивают платы ЭВМ и не компилируют программы. Добро пожаловать в реальность.

> сидеть в linux и упорно отказываться компилировать и разбираться с проблемой?

Так проблемы-то и нет. Не понял, какое отношение имеет Linux к компиляции? Ни в Debian ни в Ubuntu, ни насколько знаю в Mandriva средств разработчика по молчанию не установлено. Потому что вменяемые люди понимают, что пользователь - это не разработчик и не мантейнер.

> В этом случае стоит вспомнить чудесное, и зря забытое, слово "Ламер"!!!

Ко мне оно не относится потому, что могу собрать пакет. Но, откровенно говоря, не понимаю почему простой пользователь, которому не нужна мегаоптимизация gchemutils или отключение ненужных опций конфигурирования чтобы сэкономить пару килобайт, должен этим заниматься. Может вы объясните?

> З.Ы.: Винда то стоит еще?

Конечно. А она здесь при чем? Хотите поговорить об этом и рассказать про свои виндовые комплексы?

Какой же Вы занудный! Вам объяснили - в Linux Вам никто ничего не обязан. В проприетарном мире вы платите за качественный (если повезет) продукт деньгами, в мире опенсурса - помощью. Выберите наконец, какой мир Вам больше подходит. Если первый - валите на винфак, если второй - напишите мантейнеру своего дистрибутива, спросите, не требуется ли ему ваша помощь, соберите пакет самостоятельно, в конце концов, и поделитесь им с другими пользователями. Или купите платную поддержку и клюйте мозг ей.

>Я обращаю внимание на множественные факты плачевного состояния в плане софта для зоопарка Linux-систем, где разработчики шлют нах пользователей сотен дистрибутивов и дают только исходники для разработчиков

Когда поймете, чем разработчик отличается от мэйнтэйнера конкретного дистрибутива, приходите снова. А вообще, явно вижу моральные терзания. Может вам в винду/макось? Ну побегаете по сайтам разработчиков каждой отдельной программы, ну будете обновлять руками, зато зоопарка нет и сердце лемминга спокойно.

> Пользователь не должен быть _вынужден_ рыться в исходниках или собирать из них пакет если он не является разработчиком. А оправдания "жди ибилдов или залезь да подкрути болты" распечатайте и повесьте себе на стену для собственного успокоения.

Он и не должен. И не роется. А ждёт, пока мэйнтэйнер соберёт пакет, протестирует и зальёт его в репозитарии. У вас шило в районе гениталий и вы не можете подождать пару деньков? Поверьте, это сугубо ваши проблемы. Собирайте в случае такой патологии сами.

>Я спрашиваю почему до сих пор нет нормального способа установки программ, рассчитанного на обычных пользователей, или разработчики в погоне за джаст фор фаном совсем забыли для кого они делают программы?

А? Вы о чём? Тыкаю на .deb-пакет мышкой - устанавливается. Выбираю в синатике - устанавливается. Набиваю apt-get install в консоли - устанавливается. Со всеми зависимостями и без беготни по левым сайтам, как в оффтопике. Не устали ещё ныть?

> Когда поймете, чем разработчик отличается от мэйнтэйнера конкретного дистрибутива, приходите снова.

Разработчики обычно собирают бинари для винды и не жужжат. Точно также могли бы собирать и пакеты в едином стандартизованном формате со стандартизованными зависимостями, возможно из глобального общего репозитария. Ведь все проблемы несовместимости искусственные.

> А вообще, явно вижу моральные терзания. Может вам в винду/макось?

Работаете менеджером MS/Apple, отговаривая от Linux? Мне нравится идея репозитариев, но не нравится неповоротливая реализация.

> Ну побегаете по сайтам разработчиков каждой отдельной программы, ну будете обновлять руками, зато зоопарка нет и сердце лемминга спокойно.

Уверен, если пакеты реально стандартизуют вы будете в первых рядах кто будет кричать как это здорово и сколько лет все это ждали.

> Он и не должен. И не роется. А ждёт, пока мэйнтэйнер соберёт пакет, протестирует и зальёт его в репозитарии.

Это не очень правильная система. Отставание версий в репозитарии от релизов либо отсутствие пакетов в репозитарии заложено в дизайне.

> У вас шило в районе гениталий и вы не можете подождать пару деньков?

Разве через пару дней этот пакет появится в etch, в testing или он появится в ubuntu/7.10? Нет. Потому что система репозитариев громоздкая и неповоротливая и чтобы поставить пакет из unstable в testing, stable или ubuntu придется искурочить половину системы, начиная с libc превратив ее в наполовину-unstable ради одного единственного пакета, либо городить еще один кривой костыль - backports, куда ни gchemutils ни многое другое наверняка не попадет.

> Набиваю apt-get install в консоли - устанавливается.

Последняя версия не устанавливается, если не сидеть на unstable. Но на unstable сидят лишь камикадзе.

> Со всеми зависимостями и без беготни по левым сайтам, как в оффтопике.

Уж где-где, а в оффтопике с зависимостями проблем нет потому, что каждый пакет тащит с собой все нужные библиотеки да плюс система гарантирует обратную совместимость для базового API.

> Не устали ещё ныть?

А вы не устали еще врать как все прекрасно и замечательно? Вам не кажется, что нужно что-то менять в консерватории, чтобы не приходилось ждать как минимум несколько дней, а то и вечно пока пакет попадет в репозитарий, чтобы не приходилось ради одного пакета корежить половину системы либо ждать появление пакета в репозитариях либо компилировать. Простой пользователь не поймет почему установка свежей версии сопряжена с такими титаническими трудностями.

>Разработчики обычно собирают бинари для винды и не жужжат. Точно также могли бы собирать и пакеты в едином стандартизованном формате со стандартизованными зависимостями, возможно из глобального общего репозитария. Ведь все проблемы несовместимости искусственные.

Что с чем сравниваем? Под винду нет репозитариев и нет мэйнтэйнеров. Такие удобства там вообще отсутствуют. Зато есть замечательный зоопарк установленного софта, который частично обновляется сам, частично просит его обновить, а частично оставляет всё на совести пользователя. Вообще все проблемы искусственные, кроме как проблемы что пожрать, где поспать и сделать то, что со слово "жрать" рифмуется. Тем не менее, в любом из больших дистрибутивов и его отпрысков полно своих особенностей, начиная от своих утилит для системной кофигурации и кончая тонкостями в иерархии файловой системы. И чтобы софтина, в отличии от винды, даже не пыталась грузить пользователя вопросами куда ей устанавливаться, подготавливают пакеты/ебилды/whatever.

>Работаете менеджером MS/Apple, отговаривая от Linux? Мне нравится идея репозитариев, но не нравится неповоротливая реализация.

Ознакомьтесь сначала с тем, какие стадии проходят пакеты в том же дебиане, прежде чем попасть хоть в testig. И почему. А для любителей бетатестинга есть bleeding edge-дистрибутивы. Используйте тот же арч.

> Уверен, если пакеты реально стандартизуют вы будете в первых рядах кто будет кричать как это здорово и сколько лет все это ждали.

Не надейтесь. Мне близка идея развития через здоровую конкуренцию и отвратная мысль о застое из-за монополии на реализацию идей. Более того, времени на тестирование пакетов это никак не убавит и вы всё так же будете ныть по форумам что пакет х уже неделю как вышел, а в репозитариях ещё не появился.

>Разве через пару дней этот пакет появится в etch, в testing или он появится в ubuntu/7.10? Нет. Потому что система репозитариев громоздкая и неповоротливая и чтобы поставить пакет из unstable в testing, stable или ubuntu придется искурочить половину системы, начиная с libc превратив ее в наполовину-unstable ради одного единственного пакета, либо городить еще один кривой костыль - backports, куда ни gchemutils ни многое другое наверняка не попадет.

Нет. Потому-что его нужно, как минимум, протестировать. Я уже упоминал выше: нужен bleeding edge - выбирайте другой дистрибутив. И в дебиане и в убунте в первую очередь думают об удобстве пользователя и стабильности, а не красноглазых. Мысль, что дистрибутивы обслуживают не всех сразу кое как, наподобие винды, а свою целевую категорию, вам уже ведь нашептали, да?

>Последняя версия не устанавливается, если не сидеть на unstable. Но на unstable сидят лишь камикадзе.

А вы знаете, почему на unstable сидят камкадзе? Потому-что там мало протестированый софт. А знаете, почему пакет в репозитариях не появился? Потому-что те самые камкадзе этот самый софт тестят, чтобы вы камикадзе не стали. Вы, товарищ, уж решитесь на что-нибудь. А то и рыбку съесть, и на ёлку сесть и зад не поцарапать.

>Уж где-где, а в оффтопике с зависимостями проблем нет потому, что каждый пакет тащит с собой все нужные библиотеки да плюс система гарантирует обратную совместимость для базового API.

Ага. В результате имеет зоопарк свалку и помойку. Ну да об этом вам программисты под эту систему побольше моего расскажут. Спасибо, мне не нужен 20 раз установленные в системе питон, которые в 20-кратном исполнении крутится. Но ведь любителей подхода винды никто под линуксом не держит, не так ли?

>А вы не устали еще врать как все прекрасно и замечательно? Вам не кажется, что нужно что-то менять в консерватории, чтобы не приходилось ждать как минимум несколько дней, а то и вечно пока пакет попадет в репозитарий, чтобы не приходилось ради одного пакета корежить половину системы либо ждать появление пакета в репозитариях либо компилировать.

Нет, не кажется. Ибо он гарантирует, например, что установленная мною наобум софтина не разнесёт мне к чёртовой матери всю систему, что под виндой всегда возможно. Другими словам - я получаю проверку качества, которой под виндой у меня нет. Сколько там софта, который, например, хрен начисто удалишь? Не видели фаерволы, которые толком не удалялись и таким раком гробили систему? Я видел - спасибо, не надо. У вас есть варианты для более удобного bleeding edge, чем дебиан и его "отпрыски". Используйте их, но потом не бегайте на ЛОР рассказывать, что OS-софт такой ужасно нестабильный и вообще хрен знает что делает. Что до простых пользователей, то последнее что их волнует - это самая последняя версия софта у них сейчас стоит, или на 1-2 минорных меньше. Им куда важнее, чтобы система при установке сама настраивалась. Простых пользователей, которые с горящими глазами просили бы меня поставить им самую последнюю версию софта я ещё не встречал. Подозреваю, что их в природе вообще не существует.