Неужели под Линуксом нет Web Organizer-ов?

ScrapBook

Расширение для Firefox, написано, естественно, на JS

+ tracker или beagle по домашнему каталогу, поиск по содержимому.

Правда есть проблемы:

1) ScrapBook для Opera

2) разные профили разных браузеров

3) теги, категории для организации ссылок. В ScrapBook чтобы сохранить страничку в 2 категории приходится плодить копии в 2 "каталога"

Но в целом -- это самое нормальное из того, что есть для организации.

> чтобы сохранить страничку в 2 категории приходится плодить копии в 2 "каталога"

В ScrapBook можно сохранять закладки. Т. е. сохраняем страницу в один каталог, открываем, и сохраняем закладку на сохранённое в другой.