как не добавлять в коммит данные sqlite?

Закоммитить пустую базу, а потом echo '*.sqlite' >> .gitignore

Храни SQL со структурой в отдельном файле.

мне нужно чтобы структура базы попадала в коммит а данные нет.

Для простейшего случая, вынеси структуру базы в дамп (.sql) и добавь его в гит, так будет правильнее. В более сложном случае, воспользуйся инструментом для миграций базы.

Хранить базу отдельно, а в репозитории только темплейт (CREATE TABLE, все дела).

вынеси структуру базы в дамп .sql

И для сложных тоже.

Для этого придумали миграции БД.

Что для сложных?