Используют ли Base64 для кодирования ДНК

а за чем? base64 используют для того что бы нечитаемые символы закодировать как строку а что в днк кодировать? АТГЦ или по буржуйски весь код в буквах и так

https://github.com/TeMPOraL/dna/commit/b5b4642f9d98e7150acef4f7b11725c2464fd304 вот пример

Там другое.

Мысль была такая: 64 = 4 ^ 3.

4 - количество разных оснований
3 - количество оснований в одном триплете

=> 1 триплет/кодон(?) это буква в base64

Не, в базах все хранят плоским текстом. Обычно либо в http://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format либо в формате GenBank: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017974.1

Причина - помимо самой последовательности нужны пометки с камментами

Вот только одна и та же последовательность оснований иногда читается с разных мест и соответствует разным последовательностям триплетов.

Так если взять другую точчку отсчета, все поломается.

1 триплет/кодон(?) это буква в base64

Генетический код избыточен, и при таком кодировании ряд букв будет на практике значить одну и ту же аминокислоту. Если уж ведется работа с белком, то намного удобнее кодировать по букве на аминокислоту и с ДНК вообще не париться. А если непосредственной необходимости думать о белке нет, то это тем более не нужно - будет сложнее восприниматься, и будет неочевидно, изменено одно основание, два или три. Получается, еслинственный смысл - экономия места, но оно не сильно нужно, особенно если учесть, что процессорное время в таких расчетах обычно важнее.