Как можно ближе распологайте разделы друг к другу. Сам заметил большие тормоза при такой схеме:
/dev/hda1 1 34888 17583111 83 Linux
...
/dev/hda4 65392 79780 7251741+ f W95 Ext'd (LBA)
/dev/hda5 65392 66396 506016 82 Linux swap
/dev/hda6 66397 79780 6745504+ 83 Linux
при случае, если:
hda6 - /
hda1 - /home
:)
Вот и говорят обычно, что FreeBSD шустро бегает :))