Насколько я понял, там идея в том, что у тебя две ФС, одна ro а вторая rw и что пишешь во вторую перекрывет такие файлы с первой. Например CD и флешка.
А сквош на CD? А то можно просто два раздела сделать.
С правами-же всё должно быть нормально, на eeepc-то как-то работает, а там и /home и корень так сделаны:
/home/user> mount
rootfs on / type rootfs (rw)
/dev/sda1 on /.ro type ext2 (ro)
/dev/sda2 on /.rw type ext3 (rw,noatime,data=ordered)
none on / type aufs (rw,xino=/.rw/.aufs.xino,br:/.rw=rw:/.ro=ro)
proc on /proc type proc (rw)
sysfs on /sys type sysfs (rw)
devpts on /dev/pts type devpts (rw)
tmpfs on /dev/shm type tmpfs (rw)
tmpfs on /media type tmpfs (rw)
tmpfs on /tmp type tmpfs (rw)
/dev/sdb1 on /home type ext3 (rw,noatime,data=ordered)
usbfs on /proc/bus/usb type usbfs (rw)
/dev/sda1 on /ro type ext2 (ro)
/home/user>