поддержку формата реализовать при желании проблем нет
только смысл? виндовые бинари один фиг исполняться не будут, а линуксоидов и елф вполне устраивает...
А зачем? И Linux-а еще с незапамятных времен есть поддержка misc-binaries. Смысл в общем такой: ядру указываются параметры, по которым можно отличить один бинарный формат от другого, и сказать какой программе/скрипту передать имя файла в качестве параметра, если на него прийдет exec. Таким образом можно допутим написать простенькую прожку на C/скрипт на perl/bash, и запустив wine-server, указать ядру, что мол на попытку сделать execxxxx("some-pe-file.exe", blah-blah...); запустить нашу прогу/скрипт которая уже запустит wine с нужными параметрами. Хотя в данном случае можно и без промежуточной проги обойтись, так как
wine proga.exe вроде сразу все запускает ;)
P.S. подобным образом можно Linux научить открывать различные документы/мультимедиа файлы просто сделав на них exec, а ядро уже само разбиратся будет - что куда, только нужно ли Linux-у в этом вопросе спускатся до уровня винды?