С полпинка, лишь бы архивчик с обновлением был оригинальным. Самый гимор - никогда не подписывайся на исправление поломанных вещей, только __на установку обновления__, пусть допилкой то франчайзи занимаются, что конфигурацию сочиняло.
Всё зависит от того на сколько сильно она отличается от стандартной. Если изменеий нет - то всё просто, если же есть - то нужно их учитывать при обновлении.
Очень часто обновление основательно переработанной 1С Конфигурации стоит дорого (до нескольких килобаксов).
Там пунктик есть в меню (глубоко), поставь и хелп почитай. Главное - наличие самих обновлений, здравый смысл и чтение логов. Если присунуть ему директорию с пачкой апдейтов, то оно их вроде все за раз ставит - только нихрена об этом не говорит.